Восстановление храма Святой Троицы началось в 1986 году, когда в Себеж приехал священник отец Петр. Первоначально было получено разрешение о переосвящении храма (очередное переосвящение), затем начались долгие и кропотливые работы по восстановлению храма. Эта работа была завершена к ноябрю 1988 года, именно тогда и прошла первая православная служба в восстановленном почти из руин храме.